Desde el primer momento de la fundación del Instituto la cátedra de Historia Natural y su correspondiente Gabinete tuvieron un relevante protagonismo en la historia de la Institución y ya hemos visto cómo los planes de estudio y los sucesivos reglamentos insistían en la formación de colecciones didácticas de los distintos reinos de la naturaleza.
Ya queda constancia de cómo las épocas de los catedráticos Zubía y Elizalde fueron especialmente significativas en la formación de esas colecciones, entre 1843 y 1935.
Entre 1939 y 1958 corresponde al catedrático numerario de la asignatura, Don Justo Ruiz de Azúa y García de Cortázar, el cuidado y mantenimiento del legado recibido de sus antecesores.
Tanto la Cátedra como el Gabinete se siguen situando en los mismos locales en los que se ubicaron en la inauguración del nuevo edificio y se siguen incorporando en esos años algunos nuevos elementos a las distintas colecciones.
Sin embargo, la gran trasformación del edificio surgida de las reformas de 1960 traen como consecuencia la reforma de los antiguos Gabinetes de Física y Química en aulas más pequeñas; las colecciones y elementos de trabajo de unos y otros se deben recoger entre las nuevas cátedras y algunos armarios que quedan en los nuevos pasillos.
Nuevos tiempos, nuevos planes y nuevas formas de trabajo van trasformando la realidad de las colecciones y pronto irán perdiendo su condición de piezas didácticas para sentirse más como piezas de museo.
Próximo a finalizar el mandato de Alfredo Ollero en la dirección del Centro y como resultado de otra de las grandes reformas del edificio efectuadas en los primeros años ochenta, el 1 de Abril de 1985 se inaugura como nueva dependencia el MUSEO DE CIENCIAS NATURALES y se recoge en distintos armarios y muebles expositores la mayor parte de las colecciones acumuladas hasta ese momento. Continuarán en ese mismo espacio hasta que en 1999 se convierte en Aula de Bachillerato Internacional iniciando las colecciones un nuevo período de reorganización y, sobre todo, de recuperación.
La recuperación de los fondos
La falta de uso y atención hace que las colecciones poco a poco se deterioren hasta que en 1999, bajo la actual dirección del Instituto, y en colaboración con la Fundación Caja Rioja, se procedan a iniciar los diferentes trabajos de recuperación.
La citada Fundación, en colaboración con el Museo Nacional de Ciencias Naturales, inicia los trabajos de inventario y catalogación de los fondos, aplicación de tratamientos, limpieza y por último acomete su restauración.
De esta manera se ha intervenido sobre el Herbario de Zubía, la colección de zoología y la colección de maquetas.
Jesús Juez Antonio, reparador del Museo Nacional ha efectuado en enero de 2004 la restauración de 130 ejemplares naturalizados de la colección.
 |  |  |
COLECCIÓN DE LÁMINAS DE HISTORIA NATURAL