Es la dependencia del Instituto donde se realizan todos los trámites administrativos relacionados con los profesores, los alumnos y el personal no docente. Desde la Secretaría se procede a la matrícula de los alumnos, al traslado de expedientes, a la confección de actas y boletines de notas, a la cumplimentación de libros de escolaridad, a la gestión económica, la actualización de datos en programas de gestión como RACIMA y a la atención del público en general. También aquí se guardan y custodian todos los documentos de alumnos y profesores que han pasado por el centro, bueno, gran parte está en el Archivo Histórico, pues en este centro se han generado expedientes desde 1843.